...они зависают?

omsklug, в dmesg я вижу "Unaligned access page fault".
Я до сих пор не верю что линукс автоматом не удаляет эти файловые дескрпторы из своих внутренних таблиц.

Если процесс в D-state и ждет конца io с этого устройства, то процесс приостанавливается до завершения I/O. После отключения устройства дескриптор пропадает из таблицы ядра, но выполняющееся приложение имеет в своем стеке копию значения этого дескриптора. Поскольку процесс все ещё ждет конца i/o, а память, выделенная ioremap() уже освобождена, но принадлежит виртуальной памяти процесса будут major page fault, а на сигналы приложение реагировать не будет. Ребутай машину.

Супер! Спасибо. Записали.